A FSFA é um dos gestores operacionais do Fundo da Mata Atlântica, um mecanismo essencial para a conservação da biodiversidade no Estado do Rio de Janeiro.
Na qualidade de gestora, a FSFA é responsável pela administração e aplicação dos recursos na execução de projetos. Este trabalho envolve o controle dos aportes de acordo com os instrumentos que compõem o FMA, tais como as carteiras de compensação ambiental, restauração florestal, Termo de Ajustamento de Conduta (TAC), doações e outras fontes. As atividades resultam em benefícios significativos, incluindo a ampliação de investimentos socioambientais, mitigação de impactos de empreendimentos e o cumprimento de obrigações legais.
Desde setembro de 2022, o FMA/RJ, por meio da Câmara de Compensação Ambiental (CCA), aprovou a destinação de aproximadamente R$ 200 milhões para a gestão operacional da FSFA, garantindo a implementação de 21 projetos, por meio de 36 objetos de contratação. Com isso, foram contempladas 43 Unidades de Conservação localizadas nas oito regiões do estado, com maior concentração na Região Metropolitana.
